R语言作图——Density plot
原创:黄小仙上次分享了小提琴曲线(violinplot)的作图方法,今天小仙同学给大家介绍一下如何用R画出漂亮的密度图(densityplot)。Step1.绘图数据的准备首先还是要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式excel中保存成csv格式。数据的格式如下图:一列表示一种变量,第一行是
R语言作图——Facet violin plot
原创:黄小仙老铁们,许久未见啦。顺便说一下,最近可不是小仙同学偷懒哟,电脑上个月送修今天刚刚拿回来(想买联想Yoga的同学先问问自己会不会拆电脑换排线,我买的这台用了一个月,送修也用了一个月)。最近我可攒了个大招呢,先来看看下面这张图,有没有很眼熟呢?这张图在开始介绍R语言的时候就出现过啦,不过小仙
R语言作图技巧——导出高清图
原创:黄小仙上一次小仙同学分享了facetviolinplot的画法,最后还卖了个关子,给大家留了个悬念。科研文章的插图通常要求比较高,不仅要精准地展示出数据,选对图表类型,还需要简洁优美(翻译成人话就是,同样的数据能不能多“卖”几分,就看图够不够高大上啦)。小仙同学在画图的时候遇到的一个问题就是,
R语言作图——Line plot
原创:黄小仙最近小仙同学在NatureCellBiology上看到了这样一张图,很常见的折线图画成这个样子——原来很常见的图标类型也可以“焕发新春”!今天小仙同学就尝试用R复刻一张类似的折线图。Step1.绘图数据的准备首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式,建议大家在excel中保存成
R语言作图——Histogram
原创:黄小仙最近小仙同学很是烦恼,本以为自己已经掌握了ggplot2作图的语法,用read.csv(),ggplot()+geom_point()/boxplot()/violinplot()…就可以画遍天下图表,结果却发现到真正画图的时候,还是会出现不少的小问题。比如小仙最近要画一个直方图,最开始
R语言实战——Nature Neuroscience的十年(一)
原创:hxj7序前言学习R语言有半年时间了,一直想找个机会找个小项目练练手,所以才有了这篇文章。目的对《NatureNeuroscience》杂志2009-2018年的研究文章进行可视化初探。主要分为以下几个部分:1.基础统计及可视化2.进一步统计及可视化3.主要国家比较及可视化4.热词统计及可视化
R语言作图——Radar chart
原创:黄小仙今天小仙同学给大家分享下Radarchart的作图方法,其实雷达图我们在生活中能经常可以见到,比如大家很喜欢玩的王者荣耀里就有。通过简单的图形对比,人物特点一目了然。也经常用来评估学生的成绩和产品的性能。在生信领域,我们也可以用来比较评估样品的基因表达情况啦。作图数据如下:画出来的效果图
R语言作图——Lollipop chart
原创:黄小仙今天给大家分享的是Lollipopchart(棒棒糖图)的画法。棒棒糖图的用途跟条形图的用法类似,只是看起来更加美观一些,图表形式更加丰富(数据不够、拿图来凑,啥也不能阻止我优秀)。为了跟之前画的柱状图更好的比较,今天画图使用了相同的数据。作图思路:棒棒糖图实际上是在散点图的基础上增加了
R语言作图——Pie chart
原创:黄小仙今天要给大家介绍的Piechart(饼图),本来是不打算写这个的,因为用Excel画饼图实在是太方便了。本着能少动一下是一下的懒人原则,是不打算用R画的,再说,本小仙不是掌握了R作图大器ggplot2么,实在需要用的时候我就一句ggplot()+geom_pie()不就搞定了。结果后来用
R语言作图——Dot plot(点图)
原创:黄小仙2020开年不凡,生活果然充满了惊吓,可仍然要期待惊喜呀。今天要给大家介绍的是点图(Dotplot),点图展示的数据比较简单,但胜在好看啊。作图数据如下:Step1.绘图数据的准备首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式,建议大家在excel中保存成csv格式。Step2.绘图
R语言模拟疫情传播-RVirusBroadcast
原创:hxj7本文用RVirusBroadcast展示模拟的疫情数据本文篇幅较长,分为以下几个部分:前言效果展示小结附录:RVirusBroadcast代码前言前几天微博的一个热搜主题是“计算机仿真程序告诉你为什么现在还没到出门的时候!!!”,该视频用模拟的疫情数据告诉大家“不要随便出门(宅在家)”
R语言模拟疫情传播-gganimate包
原创:hxj7本文用gganimate包展示模拟疫情数据本文篇幅较长,分为以下几个部分:前言效果展示小结附录:代码前言前文《R语言模拟疫情传播-RVirusBroadcast》已经介绍了一种用R语言模拟疫情传播的方法,不过当时为了实时模拟数据(没有事先准备好的数据集可用)的动态展示效果,笔者在RVi
R语言作图——Bar chart
原创:黄小仙时光飞逝,岁月如梭,转眼又是一年过去了,本小仙怎么还是一事无成呢!转念一想,这种事也不是一次两次了,再多一个又何妨,哈哈!回归正题,今天就给大家介绍下直方图(histogram)的“好兄弟”——条形图(barchart)。假设小仙同学现在要帮一家书店用图形展示2018年最受大家欢迎的书目
R语言快速生成三线表:sjPlot
作者:黄天元,复旦大学博士在读,热爱数据科学与开源工具(R),致力于利用数据科学迅速积累行业经验优势和科学知识发现,涉猎内容包括但不限于信息计量、机器学习、数据可视化、应用统计建模、知识图谱等,著有《R语言高效数据处理指南》(《R语言数据高效处理指南》(黄天元)【摘要书评试读】-京东图书)。知乎专栏
R语言科研论文配色:ggsci
作者:黄天元,复旦大学博士在读,热爱数据科学与开源工具(R),致力于利用数据科学迅速积累行业经验优势和科学知识发现,涉猎内容包括但不限于信息计量、机器学习、数据可视化、应用统计建模、知识图谱等。知乎专栏:R语言数据挖掘。邮箱:huang.tian-yuan@qq.com.欢迎合作交流。写论文的时候如
菜鸟入门R语言
通过一周的学习,看了R语言的第一和第二章,把书中的例子敲了一篇,加深印象,学习总是从模仿开始,不过就是简单的模仿,做起来都碰到不少问题,下面把自己敲的代码截图上来,记录自己的错误。一、R会话实例,如下图:犯了几个错误,1、()最末尾以“,”结尾,导致错误;2,“<-”符号前后要空格,前面是名称
【R语言基础】01.R语言软件环境搭建及常用操作
一、R语言简介R语言是专业的统计分析软件,来自著名数据科学网站(http://www.kdnuggets.com/)发起的一个2019年统计分析和数据挖掘软件使用情况的调查结果:表明R语言是该领域近年来最受欢迎的软件之一。R语言的优势:(1)免费开源,软件体积小根据需要安装扩展包,兼容各种常用操作系
【R语言基础】02. 基本数据结构
一、基本数据类型包括数值型(numeric)、逻辑型(logical)、字符型(character)、缺失值(NA)、浮点型(double)、复数型(complex)、整数型(integer)等。数据类型的判别与转换都是统一的格式,例如,is.numeric()判断是否为数值型,as.numeric
【R语言基础】03. 数据文件的读写
一、键盘输入数据适合小数据集,使用函数edit(),操作步骤:1.创建一个空的数据框或矩阵,设置对应的变量名和变量类型;2.针对该数据对象,调用文本编辑器,输入数据,并保存。mydata<-data.frame(age=numeric(0),gender=factor(character(0)
【R语言基础】04. 数值计算与自带函数
R中数值计算的对象一般是向量或列表,不同长度的对象进行计算时,短的对象元素将被循环使用。一、基本运算符号1.基本数学运算+-*/、^(求幂)、%%(求模)、%/%(整除)注意:可以关于小数求模,例如5.4%%2.3为0.82.比较运算>、<、>=、<=、==、!=3.逻辑运算