原创: 黄小仙

上次分享了小提琴曲线(violin plot)的作图方法,今天小仙同学给大家介绍一下如何用R画出漂亮的密度图(density plot)。

Step1. 绘图数据的准备

首先还是要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式excel中保存成csv格式。

数据的格式如下图：一列表示一种变量，第一行是列名

Step2. 绘图数据的读取

data<-read.csv(“your file path”, header = T)
#注释：header=T表示数据中 的第一行是列名，如果没有列名就用 header=F

Step3.绘图所需package的安装、调用

install.package(“ggplot2”)  
#注释：ggplot2是目前公认绘图很强的一个安装包，如果已经安装，这句就不需要啦
library(ggplot2)  
#注释：package使用之前需要调用(每次用前都要调用哦)

Step4.绘图

p<-ggplot(data, aes(x = weight))     #注释：x轴表示weight，y轴表示频率就不需要指定啦
p + geom_density(color = "black", fill = "gray")

Step5.美化

p + geom_density(aes(color = sex))  
#注释:按照性别不同组改变线条颜色

p + geom_density(aes(fill = sex), alpha=0.4) 
#注释:按照性别不同组改变填充颜色，alpha表示调整透明度

到这里你已经可以画出比较高B格的density plot了，不过有些同学可能有

特殊的要求，比如把两组的平均值画出来，那本小仙再小秀一下

1.准备平均值数据并读取

mean<-read.csv(“your file path”)

2.画图

 p+ geom_density(aes(color = sex), alpha=0.4)+
    geom_vline(data = mean, aes(xintercept = mean, color=sex),linetype="dashed")

好啦，今天的分享就到这里了，希望可以帮助到大家。有什么新的作图要求，可以留言给我哦！

（公众号：生信了）

ITPub博客

R语言作图——Density plot