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R语言ggsurvplot绘制生存曲线报错 : object of type ‘symbol‘ is not subsettable

原创 数据挖掘 作者:tecdat 时间:2020-08-21 17:11:06 1 删除 编辑

原文链接: http://tecdat.cn/?p=14683

预期

绘制生存曲线图

实际

object of type ‘symbol‘ is not subsettable

重现问题的步骤

library(survminer)#> Le chargement a nécessité le package : ggplot2#> Le chargement a nécessité le package : ggpubr#> Warning: le package 'ggpubr' a été compilé avec la version R 3.4.3#> Le chargement a nécessité le package : magrittrrequire("survival")#> Le chargement a nécessité le package : survivalsurvie <- Surv(time, status) ~ sexfit<- survfit(survie, data = lung)ggsurvplot(fit, data = lung)#> Error: objet de type 'symbol' non indiçable

ggsurvplot()尝试从对象中捕获生存公式Surv(time, status) ~ sex,如下所示:   fit$call$formula。

通过分解R代码,执行fit $ call $ formula的结果是“ survie”而不是   Surv(time, status) ~ sex 。这将导致错误消息。

请拟合并可视化生存曲线,如下所示:

library(survival)fit <- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)ggsurvplot(fit, data = lung)

如果您仍然想分解R代码,那么我建议使用 surv_fit() [survminer软件包中的] 函数  ,它是对R基本函数的扩展,   survfit() 具有更多功能

您可以按以下方式使用它:

survie <- Surv(time, status) ~ sexfit <- surv_fit(survie, data = lung)ggsurvplot(fit, data = lung)


参考文献

1. 如何解决线性混合模型中畸形拟合(SINGULAR FIT)的问题

2. 在UBUNTU虚拟机上安装R软件包

3. WINDOWS中用命令行执行R语言命令

 


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