Linux操作系统和Windows操作系统之间有以下几个主要区别或不同点：

1. 基本架构：Linux是基于UNIX的开放源代码操作系统，而Windows是由微软开发的闭源商业操作系统。

2. 用户界面：Linux提供了多种用户界面选项，包括图形化界面（如GNOME、KDE）和命令行界面（如bash shell），而Windows主要采用图形化界面。

3. 文件系统：Linux使用类Unix的文件系统，如ext4，而Windows使用NTFS或FAT32等文件系统。

4. 可定制性：Linux具有高度可定制性和灵活性，用户可以根据自己的需求进行自定义设置和修改，而Windows相对来说更封闭，限制性较高。

5. 应用程序兼容性：Windows作为主流操作系统，拥有广泛的应用程序支持，而Linux在某些专业领域可能缺乏一些特定的应用程序支持。

以下是Linux系统中常用的一些操作指令（命令行方式）：

- cd：切换工作目录

- ls：列出目录中的文件和子目录

- pwd：显示当前工作目录的路径

- mkdir：创建新目录

- rm：删除文件或目录

- cp：复制文件或目录

- mv：移动文件或目录

- touch：创建新文件或更新文件的访问时间

- cat：连接文件、显示文件内容或创建新文件

- grep：在文件中搜索指定的模式

- chmod：修改文件或目录的权限

- chown：修改文件或目录的所有者

- tar：归档和压缩文件

- ssh：远程登录到其他计算机

- sudo：以超级用户权限执行命令

- man：查看命令的帮助手册

以上仅是一些常见的Linux操作指令，Linux系统提供了丰富的命令行工具和可选的图形化界面，可以根据需求进行选择和使用。学习和掌握这些指令能够更好地在Linux环境下进行操作和管理。