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序列比对算法

翻译 数据分析 作者:Tybyq 时间:2018-12-11 15:44:07 0 删除 编辑

Li的对齐代码使用字符列表进行输入和输出。 我写了一个简单的包装器来接受字符串和输出字符串。

    来自 对齐 导入 Needleman,Hirschberg

    def  compare(str1,str2):
        seq1 = list(str1)
        seq2 = list(str2)
        对于 算法 在 [ 的Needleman(),海森堡()]:
            a,b = 算法。对齐(seq1,seq2)
            print(“”。join(a))
            print(“”。join(b))
            打印()

代码插入垂直条以指示为对齐而添加的空格。 这是在Finnegans Wake和模仿Finnegans Ewok的开头段落中使用Needleman-Wunsch算法的结果。

    ||| riverrun,过去的Ev | e | 和亚当'|||| s,
    mov | i | er | un,past || new和||||| hope,

    从swe | rv || e of shore |||| 弯曲的
    从s || tr | ike of |||||回到弯曲

    b ||| ay,带给我们一个共同体
    | jeday,带给我们一个共同体

    vic | u ||再循环回来
    |||卢卡斯的再循环回来了

    H | owth Ca || stle |||| 和E | nvi || r | ons。
    | fo |||||| rest || moon and | en || dor。||||

我在上一篇文章中提到我可以很容易地比较前四段,但是我在调整第五段时遇到了一些麻烦。 每个版本的第五段开头非常相似:

    Bygme | | ster  Fi | nnega | | ñ,的 的
    Bygm | onster  | | 安| | 类似,的 的

    Stutte | | r | | | | | | | ING  手,˚F | 重新| emen '| s
    | | | | | | Throatchokin |  手,为| cemen | 的

    茂- RER,住 在 了 最广泛的 方式
    茂- RER,住 在 了 最广泛的 方式

    immarginable  在 他的 rushlit
    immarginable  在 他的 rushlit

    toofar - | | | 回来 的 宅院 前
    toofar |  -  之前回来 用于 消费


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