1、可以通过如下设置，自动删除日志文件，需要重启mysql。
vim /etc/my.cnf //修改expire_logs_days,x是自动删除的天数，一般将x设置为短点，如10 expire_logs_days = x //二进制日志自动删除的天数。默认值为0,表示“没有自动删除”
当然也可以不重启mysql,开启mysql主从，直接在mysql里设置expire_logs_days
show binary logs; show variables like '%log%'; set global expire_logs_days = 10;
2、手动清除binlog文件，登陆MySQL。也可以重置master，删除所有binlog文件。
PURGE MASTER LOGS BEFORE DATE_SUB(CURRENT_DATE, INTERVAL 10 DAY); //删除10天前的MySQL binlog日志 show master logs;
reset master; //有清除binlog时，对从mysql的影响说明
以上就是mysql二进制日志文件报错的处理，希望对大家有所帮助。更多mysql学习指路：MySQL
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