Die SAP-Basis ist für den reibungslosen Betrieb des SAP-Basis-Systems zuständig. Das SAP-Basis-System ist für R/3 wie ein Betriebssystem. Jedes Betriebssystem (z.B. Windows) bietet eine Umgebung, in der Programme, die für diese Umgebung entwickelt worden sind, ausgeführt werden können (z.B. MS-Office). Genauso bietet das SAP-Basis-System eine Umgebung, in dem die SAP-Programme laufen können.

Die Präsentationsschicht ist für die Kommunikation mit dem Benutzer verantwortlich. Sie bereitet die Daten mittels SAP GUI graphisch auf und stellt sie dem Benutzer auf dem Bildschirm zur Verfügung. In umgekehrter Richtung leitet sie Benutzeraktionen an die Anwendungsprogramme in der Applikationsschicht weiter.

Die Applikationsschicht ist die zentrale Komponente eines SAP R/3 Systems. SAP bezeichnet diese auch als R/3 Basis-System. Die Anwendungsprogramme bilden zusammen mit dem Systemkern die Applikationsschicht. Hier werden die eigentlichen Berechnungen, Auswertungen etc. durchgeführt. Dazu notwendige Daten werden von der Datenbankebene angefordert, weiterverarbeitet und der Präsentationschicht zur Verfügung gestellt. Ebenso werden neu eingehende Daten aus der Präsentationsschicht verarbeitet und an die Datenbankschicht weitergeleitet. Die Applikationsschicht kommuniziert also sowohl mit der Datenbankschicht als auch mit der Präsentationsschicht.

Die Datenbankschicht ist für die Datenhaltung verantwortlich. In jedem R/3 System gibt es einen Datenbankserver, auf dem sich die R/3 Datenbank befindet. Sie stellt allen anderen Anwendungen die Daten zur Verfügung. Die Daten sind dabei nicht nur Datentabellen, sondern auch Anwendungen, Systemsteuertabellen und Benutzerdaten.