核酸的定量主要采用紫外分光光度法及电泳比较法。组成核酸分子的碱基,均具有一定的吸收紫外线特性,最大吸收值为250~270nm之间。例如腺嘌呤的最大紫外线吸收值在260.5nm,胞嘧啶:267nm,鸟嘌呤:276nm,胸腺嘧啶:264.5nm,尿嘧啶:259nm。这些碱基与戊糖、磷酸形成核苷酸后,其最大吸收峰不会改变,但核酸的最大吸收波长是260nm,吸收低谷在230nm,这个物理特性为测定核酸溶液度提供了基础。
在260nm波长紫外光下,1A值的吸光度相当于双链DNA浓度为50μg/ml;单链DNA或RNA为40μg/ml;单链寡核苷酸为20μg/ml。可以由此计算核酸样品的浓度(紫外分光光度法)。
质粒DNA及微量DNA片段的浓度还可以通过与已知浓度的DNA标准同时进行电泳,根据其结合的溴乙锭荧光强度,估计其样品的浓度(电泳法)。