公共语言运行库（Common Language Runtime，CLR），提供了管理.NET Compact Framework代码的执行环境。代码管理的形式可以是内存管理、线程管理、安全性管理、代码验证和编译以及其他系统服务。
运行时是为了增强性能而设计的。它使用实时（JIT）编译的方法，使托管代码能够以运行应用程序的平台的本机语言运行。这样，开发人员就可以创建适用于多种平台的应用程序，而不用担心如何分别为每个平台重新编译或重新生成可执行程序。
即使移动应用程序与托管代码一样都是用Visual Basic .NET或C# .NET编写的，仍然可以集成封装在动态链接库（DLL，包括Windows CE API）外部的功能和子例程。.NET Compact Framework提供的数据类型以及对结构的支持使开发人员能够轻松地将Windows CE API的功能集成到Pocket PC应用程序中。
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