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CentOS 下 R 的安装

原创 可视化 作者:guoge 时间:2016-07-28 15:01:12 0 删除 编辑
 

相比Windows 下的安装,Linux 操作系统中可以使用源代码安装,由于相关组件的依赖性,所以安装起来会麻烦点, 但由于网络上资料甚多,因此也不太复杂。

一、R 语言环境的安装

1. 下载R的源码,可以在http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/src/base/R-3/ ,获取最新版的R 代码,写文档的时候,版本为R-3.3.0

wget http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/src/base/R-3/R-3.3.0.tar.gz

2. 解压

Cd /usr/

tar -zxvf R-3.3.0.tar.gz

cd R-3.3.0

3. 安装一些依赖包和配置

sudo yum install readline-devel

sudo yum install libXt-devel

./configure  --enable-R-shlib --prefix=/usr/ R-3.3.0 --with-readline=yes --with-libpng=yes

在实际过程中,由于CentOS  环境不同, 还需安装其它一些包,否则configure 会出现一系列报错, 当出现问题时, 执行相应命令后,可再执行上面的configure 命令  例如:

当出现:

 configure: error: C++ preprocessor /lib/cpp sanity check

check See `config.log for more details

这可能是由于c++编译器的相关package没有安装,执行:

sudo yum install glibc-headers gcc-c++

如果不放心,也可加上:

sudo yum install build-essential

当出现:

configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals

configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages

configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals

可执行:

sudo  yum  install texinfo

sudo   yum install texlive

当出现:

configure: WARNING: neither inconsolata.sty nor zi4.sty found: PDF vignettes and package manuals will not be rendered optimally

configure: error: bzip2 library and headers are required

可执行:

 sudo yum  install bzip2-devel

sudo  yum  install bzip2-libs

当出现

WARNING: neither inconsolata.sty nor zi4.sty found: PDF vignettes and package manuals will not be rendered optimally

执行:

wget http://mirrors.ctan.org/fonts/inconsolata.zip

解压 Unzip inconsolata.zip

将文件拷贝到目录下:

        cp -Rfp inconsolata/* /usr/share/texmf/

 刷新sty

        Mktexlsr

当出现:

configure: error: "liblzma library and headers are required"

执行:

sudo  yum -y install xz-devel.x86_64

当出现:

configure: error: pcre >= 8.10 library and headers are required

执行:

sudo  yum install pcre-devel.x86_64  pcre-static.x86_64 pcre-tools.x86_64 pcre.x86_64

当出现:

configure: error: libcurl >= 7.28.0 library and headers are required with support for https

执行:

sudo  yum install  libcurl-devel.x86_64 libcurl.x86_64

以下是我没遇到但其它材料提到的:

# sudo  yum install gcc-gfortran              #否则报”configure: error: No F77 compiler found”错误

# sudo  yum install gcc gcc-c++              #否则报”configure: error: C++ preprocessor /lib/cpp fails sanity check”错误

# sudo  yum install readline-devel          #否则报”–with-readline=yes (default) and headers/libs are not available”错误

# sudo  yum install libXt-devel                 #否则报”configure: error: with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available”错误

4. 编译和安装

make

make install

make 过程中,如果出现Unable to compile a JNI program 忽略,目前还没遇到问题

5环境配置

为了能在任何环境下执行R ,有两种方法,一是

vi .bash_profile

PATH=/usr/R-3.0.1/bin

二是ln -s /usr/R-3.3.0/bin/R /usr/local/bin/R

6 . 测试

输入R  看是否可以出现命令行窗口

二、 配置R Studio Server

1.  安装

$ wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-rhel-0.99.903-x86_64.rpm

$ sudo yum install --nogpgcheck rstudio-server-rhel-0.99.903-x86_64.rpm

在本地执行: http://localhost:8787  看是否可以出现登录界面, 可以使用linux 中自定义的用户来登录

2. 开启防火墙

$ sudo firewall-cmd --zone=public --add-port=8787/tcp --permanent

$ sudo firewall-cmd –reload

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