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承启生物承接国际人类蛋白质组计划官方数据库建设

原创 人工智能 作者:全球TMT 时间:2021-12-04 21:40:58 0 删除 编辑

深圳2021年12月3日 /美通社/ -- 近日,国际人类蛋白质组计划确定,由承启生物承接国际人类蛋白质组计划的官方数据库neXtProt(亚洲分站)的建设。这是国际人类蛋白质组计 划第一次将官方数据库交由亚洲公司进行建设,标志着中国在人类蛋白质组计划中的核心地位提升,也显示出承启生物不仅仅在测序领域取得国际声誉,同时在蛋白质组学领域也受到国际学术界的权威认可。11月底,承启与neXtProt数据库工作人员进行视频连线会议,neXtProt亚洲分站的建设正式开始。

承启团队与neXtProt工作人员视频连线会议
承启团队与neXtProt工作人员视频连线会议

国际人类蛋白质组计划(Human Proteome Project, HPP)是国际人类基因组计划(Human Genome Project, HGP)的后续国际合作项目,最早可追溯至2000年。彼时,人类基因组计划尚未完成,科学家们就已经意识到搞清楚人类基因组并不能完全理解人的生理病理过程,因为一个基因可以变化出几种至数千种不同的蛋白质形体(proteoform),而蛋白质才是各种生理和病理功能的实际执行者。因此,各国科学家又策划了人类蛋白质组计划,力图研究所有的人类蛋白质,这样才能解开生命的奥秘。经过12年的前期准备,2012年人类蛋白质组计划正式启动。

人类蛋白质组计划的官方数据库是neXtProt ( ),目的是建立一个人类蛋白质的百科全书。这个庞大的数据库最初由瑞典的瑞士生物信息学研究所(Swiss Institute of Bioinformatics) 和GeneBio SA 共同开发,不但存储了大量的人类蛋白质知识库,也有大量蛋白质组、微阵列、RNA、蛋白质相互作用、蛋白质-小分子相互作用等高质量数据集,其上的数据频繁地更新,是人类蛋白质研究的集大成者,相当于研究人类蛋白质的基础设施。

neXtProt数据库网站界面
neXtProt数据库网站界面

随着人类蛋白质研究的不断深入,neXtProt数据库的容量越来越大,服务器负荷日渐沉重。中国日益增长的科研实力使得中国学者访问该数据库的需求与日俱增,但现有数据库的资源却远远不能满足要求。雪上加霜的是,因为疫情和经济原因,瑞士政府削减了对这一生物信息基础设施的投资,使neXtProt数据库无力进行扩容。为了推动人类科学界对人类蛋白质组的研究,寻找有实力、有口碑的单位进行合作就成为其最佳选择。最终,承启被选定为neXtProt亚洲分站的承建单位。

虽然承启的主营业务主要是与大规模测序相关,由于其自研的FANSe系列高精度测序比对算法而被业界熟知,但承启在蛋白质组上的积累很早就开始了。早在2014年,承启首席科学家张弓教授所建立的翻译组测序技术就被作为人类蛋白质组计划的核心支柱之一,并连续被HUPO(人类蛋白质组组织)邀请在HUPO大会上做演讲。2017年,承启在HUPO大会上宣布免费为人类蛋白质组计划提供翻译组测序服务。2018年,承启发布了当时 世界上最强的翻译组学数据库,为蛋白质组研究提供了重要的参考,该数据库被发表在国际权威期刊Nucleic Acids Research上。2019年,张弓教授发表重大成果,通过翻译组测序技术发现了数千个原本认为不可能编码蛋白质的“非编码基因”实际上能翻译出50个氨基酸以上的蛋白质,并且这些蛋白质稳定存在,在癌症中发挥着重要作用,人类基因组需要被系统性地重新注释。承启在这一研究中提供了核心的生物信息学分析服务。因此承启被委以此重任,绝非偶然。

对承启而言,常年具备处理海量组学数据的能力,可以完全承担建立neXtProt所需的服务器资源和技术资源,因此neXtProt亚洲分站的建设和运维都将由承启负责。

承启承建人类蛋白质组计划官方数据库neXtProt的亚洲分站,标志着中国在人类蛋白质组计划中的核心地位提升,这是承启为推动人类蛋白质组计划进展、为中国和亚洲的蛋白质科学发展的又一贡献。


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